Przemiany ustrojowe 1989 r. odcisnęły silne piętno na sytuacji RKS Skra, klub miał trudności z dostosowaniem się do nowych realiów ekonomicznych. Skutkiem tego był postępujący upadek kolejnych sekcji. Mimo trudności finansowych renesans przeżywał zespół koszykówki męskiej. Na początku lat 90. koszykarska Skra Warszawa była bliska powrotu do ekstraklasy dzięki pokoleniu utalentowanych wychowanków: Piotrowi Szybilskiemu, Danielowi Stecowi, Jackowi Sienkiewiczowi, Rafałowi Mrozowi i Andrzejowi Kierlewiczowi, do których dołączył rozpoczynający swoją karierę na krajowych i międzynarodowych parkietach Krzysztof Dryja. Wspaniałe sukcesy odnosili juniorzy Skry, którzy w sezonie 1990/1991 zdobyli brązowy medal Mistrzostw Polski, a rok później triumfowali w tych rozgrywkach. Niestety, w 1994 roku zespół seniorów został wycofany z rozgrywek II ligi, a w 1997 r. sekcja została ostatecznie rozwiązana.
Dzięki pracy trenera Teofila Czerwińskiego (1927-2021) do głosu doszły natomiast siatkarki Skry. Wychowankami zasłużonego szkoleniowca są m.in. dwie najsłynniejsze polskie mistrzynie piłki siatkowej ostatnich dekad: Małgorzata Glinka i Katarzyna Skowrońska. Największym osiągnięciem zespołu siatkarek Skry było Wicemistrzostwo Polski w 2002 r., dzięki czemu mogliśmy być w Warszawie świadkami pamiętnych meczów w Lidze Mistrzyń sezonu 2002/2003 z włoskim Foppapedretti Bergamo, hiszpańskim Universidad de Burgos i węgierskim NRK-Nyíregyháza. Czołowymi zawodniczkami wicemistrzowskiego zespołu były m.in. Sylwia Pycia – mistrzyni Europy z 2005 r., Jolanta Studzienna – 102-krotna reprezentantka Polski oraz Mariola Zenik – mistrzyni Europy z 2005 r i brązowa medalistka z 2009 r. Sekcja siatkówki żeńskiej przetrwała jednak tylko do 2003 r.
Nieprzerwanie godnie reprezentowali żółto-czerwone barwy rugbyści, których ostatnim jak dotąd osiągnięciem pozostaje brązowy medal Mistrzostw Polski w sezonie 2021/2022. Kontynuuje swoją działalność także sekcja lekkoatletyczna, obecnie pod szyldem Ochockiego Klubu Sportowego Skra. W barwach klubu z Wawelskiej ostatni okres swojej bogatej kariery sportowej spędzili słynny skoczek wzwyż Artur Partyka oraz jeden z najlepszych polskich chodziarzy Tomasz Lipiec. Obecnie chlubą lekkoatletycznej Skry jest wspaniała Anita Włodarczyk – trzykrotna mistrzyni olimpijska, czterokrotna mistrzyni świata oraz wielokrotna rekordzistka świata, Europy i Polski w rzucie młotem. Jej trenerem jest wieloletni prezes RKS Skra Krzysztof Kaliszewski – przez cała karierę sportową młociarza wierny żółto-czerwonym barwom.
Kryzysowi sportowemu Skry towarzyszyła stopniowa degradacja obiektów przy ul. Wawelskiej, których utrzymanie w odpowiednim stanie przekraczało możliwości finansowe klubu. W 2021 r. tereny klubowe przejęło m.st. Warszawa, które obecnie realizuje zadanie ich rewitalizacji. W planie jest m.in. modernizacja stadionu lekkoatletycznego i budowa hali do koszykówki o pojemności 7 tys. widzów, co stwarza przed zasłużonych klubem nowe perspektywy rozwoju.
W 2021 r., na jubileusz 100-lecia RKS Skra, po półwieczu niebytu reaktywowana została drużyna piłkarska Skrzaków, a w 2024 r., po 30-letniej przerwie, zespół koszykówki mężczyzn. Odbudowa tych popularnych sekcji świadczy o żywotności tradycji klubu w barwach Stolicy.
