Imponujący rozwój klubu w okresie II RP został brutalnie przerwany przez wybuch wojny. Skrzacy od pierwszych chwil włączyli się do walki w hitlerowskim najeźdźcą, uczestnicząc w zmaganiach na wszystkich frontach II wojny światowej oraz w konspiracji w kraju. „Lista strat członków RKS Skra poległych w czasie Kampanii 1939 r., w partyzantce i akcjach bojowych 1941-1945, podczas walk na Wschodzie i Zachodzie w latach 1940-1945 oraz w Powstaniu Warszawskim, egzekucjach, obozach koncentracyjnych i więzieniach hitlerowskich” liczy 79 osób. Jest to jednak lista dalece niepełna. „Ze względu na olbrzymie straty ludzkie, które dotknęły członków Skry, na prawie całkowite zniszczenie dokumentów niemożliwe jest odtworzenie pełnego wkładu Skrzaków w walce z okupantem” – czytamy w klubowej monografii „Skra. Z Placu Nędzy do tartanu” opublikowanej w okazji 50-lecia klubu w 1972 r. Jednym z pierwszych poległych bohaterów związanych z klubem był wybitny biegacz Polonii Warszawa, uczestnik igrzysk olimpijskich w Paryżu (1924) i Amsterdamie (1928) Antoni Cejzik, który w latach 1937-1939 pełnił funkcję trenera lekkoatletów Skry. Zginął w obronie Warszawy 12 września 1939 r.
Czarnym dniem w okupacyjnej historii Skry był 3 lipca 1940 r. „Na podstawie listy gestapo aresztowało 40 członków klubu, mieszkających z reguły w okolicach ul. Okopowej i na Woli. Większość aresztowanych należała do czołowych zawodników i działaczy klubu” – wspominają autorzy klubowej monografii. Jak twierdził Jan Mulak, Skra „już przed wojną była zapewne rozpracowywana przez Niemców jako organizacja antyfaszystowska”.
Liczna grupa Skrzaków trafiła do obozu koncentracyjnego Auschwitz, gdzie zaangażowała się w działalność obozowej konspiracji. Jednym z liderów oświęcimskiego podziemia został były bokser Skry Konstanty Jagiełło – uciekinier z obozu, który zginął 27 października 1944 r. podczas akcji pomocy w ucieczce innej grupy więźniów. Czołowi działacze Skry odegrali znaczącą rolę w Powstaniu Warszawskim. Jan Mulak, wcześniej jeden z głównych organizatorów socjalistycznego ruchu oporu na terenie okupowanej Polski, został członkiem powstańczego sztabu na Mokotowie, a przedwojenny lekarz klubowy i pierwszy powojenny prezes RKS Skra dr Zdzisław Zajączkowski był komendantem powstańczego szpitala PCK przy ul. Kopernika. Czołowy bokser Skry, artysta plastyk Witold Chmielewski zaprojektował pamiętny plakat „Każdy pocisk jeden Niemiec”.
O popularności warszawskiego klubu robotniczego wśród polskich mas żołnierskich świadczy fakt, iż jednym z nielicznych klubów sportowych założonych w wielkim obozie jenieckim w Woldenbergu (dziś Dobiegniew) był WKS Skra. „Warto nadmienić, że Skra była klubem zrzeszającym podchorążych, podoficerów i szeregowych; pozostałe kluby grupowały wyłącznie oficerów. (…) Najbardziej prestiżową imprezę sportową oflagu – Olimpiadę – rozpoczęły rozgrywki w piłkę nożną WKS Skra i WKS Lwów” – zauważa autorka jednego z opracowań poświęconych oflagowi Anna Matuchniak-Krasuska.
Tak zaangażowanie przedstawicieli Skry w walce z okupantem podsumowali autorzy klubowej monografii: „Skrzacy zdali egzamin ze swego czynnego patriotyzmu. Wyrobienie organizacyjne i ideowe pozwalało im szybko dojrzewać w najtrudniejszych warunkach. (…) Byli nie tylko bezgranicznie odważni, umieli – mimo młodego wieku – brać na siebie odpowiedzialność. I to odpowiedzialność najtrudniejszą, bo za losy i życie innych ludzi. W najcięższej próbie historycznej tego pokolenia wychowankowie Skry dobrze zasłużyli się Ojczyźnie”.
Reaktywowana szybko po wojnie Skra przyjęła patronat branży budowlanej – przeczytaj o tym w następnej części artykułu: